לאחר שצה"ל חשף את מנהרות הטרור שהקים ארגון הטרור חמאס מתחת למשרדים המרכזיים של אונר"א ברצועת עזה, מנכ"ל הארגון המשויך לאום טען שהם לא ידעו על המנהרות.
לדברי, מנכ"ל אונר"א, פיליפ לזריני: "אונר"א לא ידעה מה נמצא מתחת למפקדה בעזה. צוות אונר"א עזב את המפקדה שלה בעיר עזה ב-12 באוקטובר בעקבות פקודות הפינוי הישראליות וככל שההפצצות באזור התגברו. לא השתמשנו במתחם הזה מאז שעזבנו אותו וגם לא ידוע לנו על פעילות כלשהי שאולי התרחשה בו".
לדבריו: "אונר"א הוא ארגון לפיתוח והומניטארי אנושי שאין לו את המומחיות הצבאית והביטחונית וגם לא את היכולת לבצע בדיקות צבאיות של מה שנמצא או עשוי להיות תחת מבניה".
בתוגבה להיתממות של מנכ"ל אונר"א, שגריר ישראל לאו"ם, גלעד ארדן, קרא לו להתפטר מתפקידו: "לזריני, זה לא שלא ידעת. לא רצית לדעת! חשפנו מנהרות טרור מתחת לבתי ספר של אונר״א וסיפקנו לכך ראיות שחמאס מנצל לרעה את מתקני אונר״א.
"הפצרנו בכם לבצע חקירה ובדיקה מקיפה של כל מתקני אונר״א בעזה. אך לא רק שסירבתם, אתה בחרת לטמון את ראשך באדמה ולא לראות. קח אחריות ותתפטר היום! אי אפשר להאמין לדבר שהאו״ם אומר ביחס לעזה".
כפי שחשף אמש דובר צה"ל, בהכוונה מודיעינית של שב״כ הגיעו לוחמי צה"ל אל פיר מנהרה סמוך לבית ספר של ארגון אונר״א. הפיר הוביל לתוואי תת-קרקעי ששימש כנכס משמעותי של המודיעין הצבאי של חמאס ועבר מתחת למבנה המשמש כמטה המרכזי של אונר"א ברצועה.
התוואי נבנה בעומק של 18 מטרים ובאורך של 700 מטרים והכיל מספר דלתות הדף. בפשיטה אותרו אמצעים מודיעיניים ממגוון רחב של סוגים. מיצוי המודיעין החדש שנמצא יאפשר פשיטה על יעדי חמאס נוספים. השמדת התוואי פוגעת ביכולות המודיעין של חמאס. הלוחמים איתרו תשתית חשמל בתוך המנהרה המחוברת למבנה המטה המרכזי של אונר״א - דבר המעיד על תספוק חשמל לתוואי המנהור באמצעות נכסי אונר״א.
בעקבות ממצאים אלו ועל בסיס מודיעין מקדים של שב״כ, פשטו הלוחמים על המטה המרכזי של ארגון אונר״א, המכיל את משרדיהם של מספר ארגונים הומיניטריים ובין לאומיים.
בתוך משרדי המבנה אותרו אמצעי לחימה רבים, וביניהם רובים, תחמושת, רימונים ומטענים. במשרדים של פקידי אונר"א נמצאו אמצעי מודיעין ומסמכים שהעידו כי אותם המשרדים שימשו גם את מחבלי ארגון הטרור חמאס.