כמעט תשע שעות לאחר שהחלה הפעילות של כוחות הביטחון לפנות בוקר (שני) למעצר שני מבוקשים של החמאס והג'יהאד האסלאמי בג'נין, פעילות שהסתבכה בעקבות פיצוץ סדרת מטעני חבלה שפגעו בכלי הרכב הצבאיים והביאו לפציעתם של שבעה לוחמי צה"ל ומג"ב - הכוחות יצאו מהמחנה, לאחר שכל כלי הרכב, חולצו.
מאז פיצוץ המטען הראשון, כשעה לאחר שהחלה הפעילות, בעת שלוחמי הימ"ס עשו את דרכם אל מחוץ למחנה, פיצוץ שממנו נפגע רכב ממוגן מסוג 'פנתר', נמשכו במקום חילופי האש בין כוחות הביטחון לחמושים פלסטינים.
כוחות צה"ל רבים הוזרמו למחנה, בודדו את הזירה בה נתקעו הרכבים שנפגעו - וכלי הנדסה וכלים טכנולוגיים של חיל הטכנולוגיה, פעלו להוצאת הכלים אל מחוץ למחנה.
בפעילות שהסתבכה השתתפו גם מסוקי קרב ומל"טים תוקפים, וכן שני מסוקי חילוץ - ינשוף ויסעור, שפינו את הפצועים לבתי החולים.
בשעות הצהריים התיר דובר צה"ל לפרסם כי שבעה לוחמים נפצעו בפעילות, בהם שני לוחמי צה"ל וחמישה לוחמי מג"ב. מרבית הלוחמים, שנפצעו בינוני וקל, פונו לבית החולים רמב"ם בחיפה, שניים מהם הוכנסו לחדר הניתוח. פצוע נוסף, לוחם מג"ב, פונה לבית הולים העמק בעפולה ומצבו מוגדר בינוני עד קשה.
ד"ר האני באחוס, מנהל מחלקת רפואה דחופה וראש מערך טראומה בבית החולים רמב"ם, עדכן בצהריים על מצבם של הפצועים ואמר: "קיבלנו חמישה פצועים, כאשר הפצועים עם פציעות בחלקי גוף שונים - בעיקר בגפיים תחתונות. כולם כבר עברו בירור, שני פצועים בחדר הניתוח.
"שאר הפצועים גם כן התקבלו בתוך בית החולים במחלקות שונות, ולאף אחד מהם לא נשקפת סכנה לחיים".
לפי משרד הבריאות הפלסטיני, חמישה נהרגו במהלך חילופי האש וכמעט 100 נפצעו. לאחר שהכוחות יצאו, תועדו הפלסטינים כשהם חוגגים עם חלקי הרכבים שנשארו בשטח.
הפעילות המיוחדת החלה לפנות בוקר, כאשר לוחמים של יחידת המסתערבים של מג"ב וסיירת הצנחנים, נכנסו לעצור שני מבוקשים. עם יציאת הכוחות, נפגעו רכבים של צה"ל ממטענים שהונחו לאורך הציר. שבעה לוחמים נפצעו בפעילות וכן כלב של יחידת "עוקץ".
צה"ל, תקף מהאוויר באמצעות מסוק קרב, כדי להרחיק את המחבלים ולאפשר את פינוי הפצועים מהזירה.